Kanser Genetiği

Son yıllarda genomik alanda görülen teknolojik gelişmeler kanser araştırmalarına büyük katkı sağlamışıtr. Yeni nesil dizileme (NGS) ve mikroarray gibi teknolojiler pek çok bilim insanı tarafından kanserli hücrelerin biyolojisinin incelenmesi ve insanların kansere olan yatkınlığını açıklayabilecek mutasyonların tespit edilmesi amacıyla sıklıkla kullanılır hale gelmiştir. Bu teknolojilerin sağladıkları bilgiler sayesinde doktorlar hastalıklara daha doğru/kesin tanılar koyma ve hastaları için daha doğru tedavi yöntemleri seçme imkanına sahip olmuşturlar.

Kansere sebep olan mutasyonları iki kategoride incelemek mümkündür: Germline mutasyonları ve somatik mutasyonlar.

Germline Mutasyonları üreme hücrelerinde görülen mutasyonlardır. Bireylerin çeşitli kanser türlerine yakalanmaya meyilli olmasına sebep olan germline mutasyonları çeşitli yöntemlerle tespit edilebilirler. Bu yöntemlerden biri NGS teknolojileri kullanılarak bireylerin tüm genom diziliminin çıkartılması iken bir diğer yöntem ise mikroarray teknolojileri kullanılarak GWAS uygulanmasıdır. Bunların yanı sıra hedefe yönelik dizileme yöntemi de tercih edilebilir. Tüm genom diziliminin çıkartılması kanser genomu çerçevesinde bütün germline mutasyonların belirlenmesini sağlar iken hedefe yönelik dizileme ile araştırmacılar kansere yatkınlıkta önemli rol oynadığı bilinen genlere odaklanarak bu genlerde meydana gelen mutasyonları inceleyebilirler.

Somatik Mutasyonlar üreme hücreleri dışında vücudun herhangi bir hücresinde görülen mutasyonlardır. Kanser hastalarında somatik mutasyonların tespit edilmesi amacıyla hastanın tüm genom dizilimi çıkartılabilir. Bu durumda kanserli dokudaki bütün somatik mutasyonlar tespit edilir. Hedefe yönelik dizileme yöntemi ile ise önceden belirlenmiş olan genlere odaklanılabilir ve bu genlerdeki mutasyonlar incelenebilir.  Somatik mutasyonların tespit edilmesinde kullanılan bir diğer yöntem bütün ekzon dizileme yöntemidir. Bu yöntemde kansere sebep olduğu bilinen pek çok somatik mutasyonun bulunduğu ekzon bölgeleri (DNA’nın protein kodlayan bölgeleri) incelenir.

Kanser, hücrelerde sıklıkla epigenetik değişikliklerin (anormal metilasyon, transkripsiyon faktörü bağlanmasında değişiklik vb.) görülmesine neden olmaktadır. Bu epigenetik değişiklikler gen ekspresyonunu etkileyebilir ve bu şekilde önemli tümör oluşum yollarının belirlenmesinde bilim insanlarına yardımcı olabilirler. Bu sebeple epigenetik değişikliklerin tespit edilmesi kanserin gelişiminin ve seyrinin takip edilmesinde önemlidir. Epigenomda görülen değişikliklerin yanı sıra transcriptomda (vücuttaki tüm RNA moleküllerinde) görülen değişikliklerin de tespit edilmesi tümör gelişiminin incelenmesi konusunda büyük önem taşımaktadır.

Kromozomal anormalliklerin incelenmesi, kanser etiyolojisi ve gelişimi hakkında daha fazla bilgiye sahip olmamızı sağlar. Gen füzyonları, kromozomda görülen büyük miktarlardaki yeniden düzenlemeler, kopya sayısı varyantları kanser hücrelerinde sıklıkla rastlanılan kromozomal değişikliklerdendir. Dizileme ve mikroarray teknolojileri kullanılarak bu anormalliklerin tespit edilmesi mümkündür.